高教所作为教育经济与管理学科点的牵头单位，依托公共管理学院，组织校内外专兼职队伍，着力推进学科建设工作。

2003年高教所与公共管理学院一起共同组建教育经济与管理学科点，2004年获二级学科硕士学位授权，2006年获二级学科博士学位授权，学校成为当时全国17所拥有教育经济与管理博士点的院校之一，也是全国同类院校中的唯一一家。公共管理学院的前身是1992成立的全国第一所土地管理学院，2005年学院获得公共管理一级学科博士学位授权，现设有土地资源管理、行政管理、教育经济与管理、劳动与社会保障4个博士点，2007年土地资源管理被列为国家重点学科，2008年公共管理被列为江苏省一级重点学科。

2007年学科点被评为校级重点学科，2008年学科点同公共管理一级学科一并成为省级重点学科。硕士研究生教育设立有三个研究方向：教育经济学、教育行政、教育管理与决策，博士研究生教育设立四个研究方向：教育经济、教育行政、高等教育管理、教育发展战略与规划，无论是硕士还是博士研究生教育，都着重强化高等农业教育的研究特色，重视理论研究与实证研究的结合及宏观战略层面对策建议的探索。